El recinto dependiente de la Facultad de Medicina, promueve la difusión de la cultura y de las Ciencias Médicas a través de sus actividades como espacio museístico y como espacio de generador de actividades artísticas. El Palacio estimula a los jóvenes creadores a través de sus exposiciones temporales que privilegian el vínculo entre el arte y la medicina.  

Sala de Embriología.
Nos ilustra sobre el misterio de la vida. En ella descansan embriones y fetos como en ningún otro lugar. En conjunto, forman una secuencia única que nos permite ver cómo se desarrolla un ser humano en el útero materno.

Sala de Otorrinolaringología.

Sala de Herbolaria.
Plantas de tabaco y toloache. Son dos de las cuarenta especies conservadas en glicerina.  En la sala hay información sobre cada una: qué planta es, su uso actual y el prehispánico.

Sala de Herbolaria.
Está dedicada al Códice De la Cruz- Badiano.
El Códice fue un claro ejemplo del nuevo universo de plantas medicinales y técnicas que comenzaron a circular y popularizarse por toda Europa desde el siglo XVI. Muchas de estas plantas se podían encontrar en las boticas.

Botica del siglo XIX.
Frascos de medicamentos que se encuentran resguardados en el museo.

Sala de ceras del siglo XIX.
Todas las piezas que están expuestas en la Sala de Ceras fueron una útil herramienta para la enseñanza de las lesiones dermatológicas. Era muy difícil estudiar directamente en los pacientes, aparte de que era peligroso por el riesgo de contagio.

Sala de Oftalmología.
La oftalmología es la disciplina médica que se encarga del estudio del ojo, la visión, sus alteraciones o patologías y sus tratamientos. La sala presenta información, instrumental y equipo de esta disciplina médica dando énfasis al origen y evolución de su desarrollo en México. 

Sala de Anatomía.
Aquí se exhibe la sorprendente colección de modelos anatómicos en cera procedentes del taller de Vasseur, manufacturados a  finales del siglo XIX.