Una de las catedras de las carrera de la Ingeniería en Minas era de mineralogia, donde los alumnos tenían que aprender a reconocer los minerales, por lo que era necesario contar con un gabinete de mineralogía y fue encargado a Europa.

En el año de 1867, Don Severo Navia era el profesor de la catedra de Mineralogía, personaje al cual se le debe Ia clasificacion de los especímenes que formaron parte de los inicios del Museo de Mineralogía,   ademas   de ser el descubridor   de la Guanajuatita y Ia Silaonita junto con Don Vicente Fernandez.

Un número importante de ejemplares con los que cuenta el Museo son los que pertenecieron a Ia colección particular de Don Ponciano Aguilar.

El Museo de Mineralogia tambien paso por diferentes ubicaciones a lo largo de su historia, estuvo en Ia planta baja del edificio central de Ia Universidad, en el edificio de Belén cuando Ia escuela de Minas se encontró en el mismo y cuando se realizó el proyecto de Ia Facultad de Minas, también se destinó un sitio para el.

El Museo estuvo a cargo del lng. Eduardo Villaseñor Söhle desde 1960 hasta el año 2004. El Ing. Villaseñor forma parte de Ia gran tradición minera de Guanajuato y de Ia República Mexicana. Es reconocida su magnifica labor que, a lo largo de 50 años, realizó dentro de Ia Universidad de Guanajuato, especialmente en el Museo de Mineralogía, que en honor a él lleva este nombre.

El museo cuenta con varias colecciones que forman un total de 22,450 ejemplares, y se esta trabajando en un proyecto para el rescate de este importante patrimonio de Ia Facultad de Minas.

Aguilarita Ag4SeS Sulfoseleniuro de plata . La Aguilarita fue descubierta en la Mina de San Carlos, en Santa Rosa de Lima Guanajuato; por el Ing. Ponciano Aguilar, al que identificó como sulfoseleniuro de plata. Don Ponciano Aguilar proporcionó varios ejemplares de esta especie a un coleccionista llamado Niven quien mando uno de ellos al destacado mineralogista estadounidense Genth(1891) y lo reportó como una especie nueva al que llamó Aguilarita en honor a su descubridor.

Argentita Sulfuro de Plata Ag2S Mina Valenciana, Gto.

Guanajuatita Bi2Se3 Seleniuro de bismuto . Don Vicente Fernández junto con Don Severo Navia detallaron las características mineralógicas y propiedades de un nuevo mineral, al que denominaron “Guanajuatita” 1874.