El museo se localiza dentro del Ex Convento de Santo Domingo de Guzmán ubicado en el Barrio El Cerrillo, uno de los más tradicionales y representativos de la ciudad de San Cristóbal de las Casas, y es anexo al Templo de Santo Domingo, cuya portada está catalogada como uno de los mejores ejemplos del barroco en Latinoamérica. En conjunto, es uno de los ejemplos más representativos de la arquitectura religiosa del país. Además de su vocación religiosa, el edificio colonial fue sede de un cuartel militar en el gobierno de Venustiano Carranza e importante escenario durante la época cristera. Como espacio museístico se consolidó en año de1988, con el apoyo del historiador Jan de Vos y su esposa Emma Cosío. 

"ESTRADOS DE DIFUSION PLECA GENERAL MUSEO DE LOS ALTOS EX CONVENTO DE SANTO DOMINGO DE GUZMÁN SCLC"

"CORONA PARA VIRGEN, LAMINADO PLATA Y ORO"

Crédito fotográfico: RAUL DURON, INAH

"LA DIVINA PASTORA, SIGLO XIX SALA DE ARTE RELIGIOSO"

Crédito fotográfico: MARCO GIRÓN

"ARCADA INTERIOR"

Crédito fotográfico: HÉCTOR MONTAÑO

"SALA DE ADVOCACIONES, EL SEÑOR DEL SOTANO SIGLO XVII"

Crédito fotográfico: MARCO GIRON

"ARCADA INTERIOR LCON LUZ"

Crédito fotográfico: HÉCTOR MONTAÑO, INAH

"SALA DE ARQUEOLOGIA SEÑOR CHINCULTIK, CLÁSICO TARDIO MAYA"

Crédito fotográfico: FOTOS PARIS SALA DE ARQUEOLOGIA SEÑOR CHINCULTIK, CLÁSICO TARDIO MAYA

"SIGLO XVII EL BAUTISMO OLEO SOBRE TELA LAMINADO EN ORO"

Crédito fotográfico: MARCO GIRON 

"COPULILLA EX CONVENTO"

Crédito fotográfico: HÉCTOR MONTAÑO INAH

"SALA ARQUEOLOGIA MONO CON SEMILLAS DE CACAO, CERAMICA, CLASICO MAYA"

Crédito fotográfico: HÉCTOR MONTAÑO 

"SALA DE HISTORIA SAN CRISTOBAL MARTIR SIGLO XVIII"

Crédito fotográfico: MARCO GIRON

"SALA ARQUEOLOGIA VASO CON ROSTRO DE ANCIANO CERAMICA PLOMIZA POSCLASICO MAYA"

Crédito fotográfico: HÉCTOR MONTAÑO

"SANTIAGO MATAMOROS , ESCULTURA CON POLICROMIA, SIGLO XVI"

Crédito fotográfico: HÉCTOR MONTAÑO, INAH